De jogador dispensável com Mano Menezes, a titular absoluto de Jayme de Almeida, Amaral conviveu com altos e baixos ao vestir a camisa do Flamengo em 2013. O jogador, que começou ganhando o ano recebendo chances com Dorival Júnior e, posteriormente, Jorginho, quase chegou a ser emprestado quando Mano Menezes assumiu o comando da equipe.

Porém, Amaral conseguiu dar a volta por cima justamente quando Jayme de Almeida se tornou técnico, levando o Fla ao título da Copa do Brasil. O volante, inclusive, afirma que se tornou titular no momento mais importante da temporada.

– Pude atuar no momento certo, na hora certa. Estou muito feliz com esta temporada, pois momentos bons acontecem com as pessoas que trabalham sério. Colocar meu nome na história do clube foi ótimo – disse Amaral em entrevista à Rádio Tupi.

Em 2013, Amaral vestiu a camisa do Flamengo em 31 ocasiões. O volante marcou um gol, justamente na partida de ida da final da Copa do Brasil, contra o Atlético-PR.