Os juniores da natação do Flamengo encerraram sua participação no Campeonato Brasileiro Junior com mais oito medalhas. Luiz Altamir, Nathália Almeida, Julia Miranda, Jhennifer Conceição, Juliana Carvalho e Fernanda Martins subiram ao pódio nos dois últimos dias de competição (09 e 10 de maio). Nos dois primeiros dias (07 e 08), foram dez medalhas, sendo três de ouro, três de prata e quatro de bronze.

Na terceira etapa, no dia 09, Nathália Almeida chegou em primeiro lugar nos 200m medley, batendo o recorde do campeonato; Jhennifer Conceição levou dois bronzes, nos 200m peito e nos 200m medley. Nesta última prova, Julia Miranda fez a dobradinha rubro-negra com Jhennifer, faturando a prata.

Na quarta e última etapa, no dia 10, Jhennifer voltou ao pódio, desta vez com o ouro, nos 100m peito. Nos 200m borboleta, Nathália Almeida ficou com a prata e no revezamento 4x100m livre, Jhennifer e Julia, ao lado de Juliana Carvalho e Fernanda Martins, ficaram com o ouro e o recorde do campeonato. No masculino, Luiz Altamir ficou com o ouro nos 200m borboleta. Com o tempo de 1m59s27 nesta prova, Luiz Altamir alcançou o índice para os Jogos da Juventude 2014, na China.

No ranking geral, o Flamengo foi o melhor colocado entre os clubes cariocas participantes e o quinto entre todos.